北京大学出版社有限公司作为以人文社会科学为主的综合性大学出版社，其前身可以追溯到1902年设立的京师大学堂译书局和编书处，开创中国大学设立出版社之先河。译书局翻译“西学”教科书和其他图书，编书处编纂“中学”教科书，北京大学的出版活动从此开始。著名翻译家、思想家严复曾任译书局总办，文学翻译家林纾为副总办。编书处总纂为李希圣。1918年，北京大学成立出版部，出版大学教科书和学术著作，曾出版《北京大学日刊》《国学季刊》等有广泛影响的刊物和中国社会主义青年团中央的机关刊物《先驱》，还先后杨昌济翻译的《西洋伦理学史》、黄节的《诗学》、钱玄同的《文字学音篇》、梁漱溟的《印度哲学概论》等一批著名学者编写的教材和学术专著。1952年院系调整后，根据国家的总体布局，北京大学停止了出版活动。从1902年至1952年，北京大学出版机构累计出版各种教材讲义和图书600余种。改革开放后，根据国家科学、文化和教育事业发展的需要，经政府主管部门批准，北京大学出版社于1979年恢复建制。

自恢复建制以来，北京大学出版社始终坚持正确的政治方向、舆论导向和价值取向，坚持把社会效益放在首位，秉持“为教学科研服务、为人才培养服务、为社会发展与进步服务”的办社方针，以出版更多推动社会发展和科技进步的优秀图书为己任，在导向管理、质量控制、精品生产和阅读推广上不懈努力，创造了经济效益和社会效益的双丰收。

2010年12月，北京大学出版社完成改制工作，注册登记为北京大学出版社有限公司，由此翻开了新的改革发展篇章。