贵州原有10个卷烟厂，在关闭4个小烟厂后，2003年7月经国家烟草专卖局批准，贵州烟草实施工商分设，组建成立贵州中烟工业公司。作为中国烟草总公司的全资子公司，主要承担烟草制品的生产、销售，烟草物资、烟机零配件及进出口等生产经营任务，承担国有资产保值增值责任。2005年7月，贵州卷烟工业企业联合重组，成立贵州黄果树烟草集团公司，与贵州中烟工业公司实行“两块牌子，一套机构”管理模式。2006年12月，贵州中烟工业公司与贵州黄果树烟草集团公司合并为一个法人实体，保留贵州中烟工业公司企业名称。2008年7月，实行公司制改革，成立贵州中烟工业有限责任公司。2011年9月，公司建立现代企业制度，健全公司法人治理结构，实行董事会领导下的总经理负责制，形成了董事会、监事和经理层各司其职、相互制衡、协调运转、高效顺畅的管理机制。

公司下设20个管理部门，其中职能部门11个，专业部门9个。公司下辖贵阳、遵义、毕节、贵定、铜仁5个卷烟生产厂和兴义烟叶储运站6个直属单位及3个全资、控股企业。