新疆惠远种业股份有限公司成立于2004年，2010年整合新疆西部种业有限公司完成股改，注册资金5100万元。公司是育、繁、推、加、销、服务一体化、股份多元化、用现代企业制度管理的棉花专业公司；是国家高新技术企业、兵团和自治区的科技型企业、农业产业化龙头企业，是兵团国家农作物品种展示评价基地。
公司总部设在石河子农业高新技术园区，投资1.1亿元建设了公司的技术创新中心。公司育种和良繁体系完善，技术创新中心4200㎡，核心育种基地50亩，三圃基田100亩。147团建有育种家种子扩繁和中试基地600亩，在121团、133团、147团、148团建有稳定的良种繁育基地10万亩。
公司在133团投资1亿元建成两条自动化种籽棉加工线，年加工籽棉8万吨；建成两条现代化的棉种加工线，年加工能力2万吨；厂区环境优美、设备先进，配套建设的种子质量检测实验室和种子质量追溯系统，保证了生产的每一粒种子都是合格的产品。
公司研发中心先后自主选育和推广了新陆早28号、48号、59号、72号、惠远720、惠远722、惠远1401、惠远1615、惠远162、惠远1502、中生棉2号等11个棉花品种，与新疆农垦科学院联合选育和推广了新陆早33号、40号、42号、45号、51号、金垦1775等6个棉花品种。在不同时期为兵团和西北内陆棉区的棉花生产做出过重大贡献，公司先后承担了国家科技部成果转化、科技支撑、农业部良种繁育专项、种子工程提升项目、财政部棉花专项、以及兵团和八师重大科技攻关项目等10余项，获得兵团和八师科技进步一、二等奖多项。
由公司发起，大学、科研单位和棉花产业相关企业等33家单位参与成立的兵团棉花产业技术创新战略联盟，聘请了国内棉花产业领域的专家，致力于研究提高棉花生产链中的品种选育、种植、收获、加工和原棉贸易各环节的提质增效，为提升新疆棉花产业的国际竞争能力做出新的更大贡献。
