四川大学华西第二医院源于1896年成立的仁济女医院，开设妇产科和儿科。1987年原卫生部批准华西妇产科和儿科从原华西医科大学附属医院迁出单独建院，成立华西医科大学附属第二医院，又名华西妇产儿童医院。2000年医院更名为“四川大学华西第二医院/华西妇产儿童医院”，是国家卫生健康委员会预算管理的妇女儿童专科医院。医院为国家儿童区域医疗中心(西南)，也是国家区域医疗中心建设项目——四川大学华西第二医院天府医院/四川省儿童医院（眉山）和四川大学华西第二医院西藏医院/西藏自治区妇产儿童医院（拉萨）的输出单位，是集医疗、教学、科研、预防保健和人才培养为一体的大学附属医院。

医院目前有华西院区和锦江院区两个院区，核定床位1580张，有26个临床科室和7个医技科室。妇产科学和儿科学均为国家重点学科，妇科、产科、儿科新生儿专业、超声科、小儿呼吸免疫科、生殖医学科、小儿感染科、小儿神经科、儿童心血管科为国家临床重点专科建设项目，医院为国家更年期保健、新生儿保健、孕产期保健和孕前保健特色专科建设单位。妇产科学、儿科学、母婴医学和应激生物学为博士学位授权点，妇产科学和儿科学为博士后流动站。医院拥有“出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室（四川大学）”、“国家卫健委时间生物学重点实验室”、“药物制剂体内外相关性技术研究国家药监局重点实验室”、“早期发育与损伤的基础与临床嵌合研究”教育部创新团队。妇科恶性肿瘤诊治、小儿血液病及小儿肿瘤诊治、早产儿支气管肺发育不良防治体系的建设与完善为国家卫生健康委临床学科重点项目。国家儿童区域（西南）医疗中心、全国救治农村儿童白血病、先天性心脏病区域协作中心、中国出生缺陷监测中心/全国妇幼卫生监测办公室、四川省产前诊断中心、四川省人类精子库、四川省妇产科、儿科、妇幼检验、女性盆底功能障碍性疾病质量控制中心、四川省生育力保存质量管理中心、四川省危重孕产妇和新生儿救治中心等机构及中心挂靠我院。

医院为国家卫生健康委住院医师规范化培训基地、新生儿围产期医学专科医师规范化培训基地、临床药师培训基地、妇科内镜诊疗技术培训基地、产前诊断培训基地、先心病介入诊疗技术培训基地、全国出生缺陷防治人才培训项目培训基地、妇女保健专科能力建设区域培训基地、助产士规范化培训基地、全国基层产科医师培训项目四川省培训基地、四川省专科医师、专科护士规范化培训专业基地、四川省护士、药师规范化培训基地。

医院承办《中华妇幼临床医学杂志》（电子版）（中国科技核心期刊）、《国际输血与血液学杂志》（中国科技核心期刊）和《中华医学遗传学杂志》三本国家级杂志和《Gynecology and Pelvic Medicine》《Women and Children Nursing》两本英文国际杂志。