面巾纸和卫生纸在品质上主要区别在于：面巾纸一般具有湿韧强度（一种代表纸张在完全润湿状态下的韧性指标）。卫生纸则一般不允许具有湿韧性，以防止在使用后纸张不易分解而堵塞卫生化粪池。
卫生纸主要针对在卫生间如厕后清洁使用，而其他用来清洁脸、手等人体部位均使用面巾纸，故较重视触感。面巾纸的产品标准是GB/T20808—2006《纸巾纸（含湿巾）》，是参考食品标准建立的；而卫生纸的产品标准是GB20810—2006《卫生纸（含卫生纸原纸）》。两者卫生标准均可依据GB15979《一次性使用卫生用品卫生标准》。
一般消费者会对卫生纸和面纸分不清，通俗一点讲吧，盒装面纸、手帕纸、餐巾纸、抽取式塑料包装面纸（是最容易搞混的）是面纸，而卷筒纸、抽取式卫生纸、大卷纸之类的是卫生纸。最简单的辨别方法就是看包装反面的卫生标准号或者看标注，现在国家新规定，卫生纸一定要标注“厕所用纸”，几乎所有大厂都标得很小，要仔细看，如果没有，就可以参考卫生标准号。至于卫生的问题，除了面纸可以擦嘴，其他最好都不建议擦嘴，包括宾馆里的擦手纸。好的面巾纸应该卫生、柔韧、不易掉屑。卫生的话，需要用专门仪器测试，一般名牌的卫生标准相对高些。掉屑厉害与否可以通过目测。柔韧性体现在纸巾能有一定程度的拉伸而不破裂。
卫生纸，一般都是家庭用的，放在厕所用。而餐巾纸是专门用来清洁面部的，柔软亲肤，卫生要求最高，用来擦嘴、擦脸更安全。餐巾纸直接接触面部，对卫生要求十分严格，国家规定每克面巾纸含菌量必须低。而卫生纸的要求就相对宽松，每克卫生纸含菌量只要不超过国家标准就行。
餐巾纸要与人的面部接触，按规定是必须不含迁移性荧光增白剂的，不会损伤皮肤。卫生纸是否含有迁移性荧光增白剂，含量多少均没有明确要求，习惯用卫生纸擦脸的朋友要注意了。根据国家要求餐巾纸必须使用原生木浆。而卫生纸允许使用再生材料。
