1、婴幼儿奶粉添加
由于益生元有调理肠胃，促进消化吸收的功能，现很多婴幼儿奶粉中已添加了它，让婴幼儿更好地吸收营养。另外，婴幼儿便秘、腹泻是常见疾病，在奶粉中添加益生元有利于调整宝宝肠道菌群环境，双向调节便秘、腹泻。
2、高纯度保健品
由于功能性成分达90%，能充分体现益生元的优势和充分利用其功能。由于是非药物，这类应用使用人群非常广泛，其中，非常适用于有肠道问题的人群。
3、日常调味添加
“推进公众营养改善行动”被纳入《国民经济与社会发展第十一个五年规划纲要》后，2007年，由公众营养与发展中心新推出的公众营养改善项目、我国第一个针对微生态失衡而出台的项目——“食物中加OLIGO(益生元)”正式启动。
4、保健食品的添加
由于益生元具有不被消化的特性，不影响血脂、血糖，所以是高血脂、高血糖、高血压人群的优选的甜味添加剂，成为了蔗糖、葡萄糖等影响血糖的替代品。
