不同馅料本身的易腐程度更多的决定了月饼的保质期长短。所以出现了不同月饼保质期相差较大的现象。一般水性馅料，比如豆沙馅，含油脂低，所以保质期比较短；而含糖比较高的馅料，比如各种水果馅的月饼，保质期会比较长。另外，广式月饼含油多，保质期较长，传统中式月饼含油少，保质期就较短。
在25摄氏度的气温环境下，杏仁、百果等馅心月饼可存放15天左右；豆沙、莲蓉、枣泥等馅心月饼，软馅含水分较多，通常只能保存5～7天，存放时间最多不宜超过10天；如果气温超过30摄氏度，月饼存放的时间还应该适当缩短，一般不宜超过7天；至于鲜肉、鸡丝、火腿等月饼，应随买随吃。月饼含油脂较多，买回后，不宜放在密封容器里久藏，可放在篮子里，盖上干净白纸，挂于阴凉通风处，并注意遮光，以防油脂氧化变质。
