国家农业种质资源库（圃）是我国种质资源安全保存与共享利用的重要设施，具有战略性、基础性和公益性特征，承担着种质资源收集整理、安全保存、精准鉴定、共享交流等重要任务。
首批国家农作物、农业微生物种质资源库，分布在全国29个省（自治区、直辖市），体现了不同物种的地理分布及生境特征。第一批国家农业微生物种质资源保护库包括长期库1个、专业性种质资源库18个，涉及食用菌、肥料微生物、植保微生物、饲料微生物等多个类别，初步建立了我国农业微生物种质资源保护体系。
| 序号 | 库（圃）名称 | 依托单位 | 所在地区 |
| 1 | 国家农作物种质资源库 | 中国农业科学院作物科学研究所 | 北京市 |
| 2 | 国家粮食作物种质资源中期库（北京） | 中国农业科学院作物科学研究所 | 北京市 |
| 3 | 国家蔬菜种质资源中期库（北京） | 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 | 北京市 |
| 4 | 国家多年生蔬菜种质资源圃（北京） | 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 | 北京市 |
| 5 | 国家多年生草本花卉种质资源圃（北京） | 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 | 北京市 |
| 6 | 国家桃草莓种质资源圃（北京） | 北京市农林科学院林业果树研究所 | 北京市 |
| 7 | 国家小麦野生近缘植物种质资源圃（廊坊） | 中国农业科学院作物科学研究所 | 河北省 |
| 8 | 国家枣葡萄种质资源圃（太谷） | 山西农业大学果树研究所 | 山西省 |
| 9 | 国家特色杂粮作物种质资源中期库（太原） | 山西农业大学农业基因资源研究中心 | 山西省 |
| 10 | 国家北方饲草种质资源中期库（呼和浩特） | 中国农业科学院草原研究所 | 内蒙古自治区 |
| 11 | 国家多年生饲草种质资源圃（呼和浩特） | 中国农业科学院草原研究所 | 内蒙古自治区 |
| 12 | 国家梨苹果种质资源圃（兴城） | 中国农业科学院果树研究所 | 辽宁省 |
| 13 | 国家山楂种质资源圃（沈阳） | 沈阳农业大学 | 辽宁省 |
| 14 | 国家李杏种质资源圃（熊岳） | 辽宁省果树科学研究所 | 辽宁省 |
| 15 | 国家山葡萄种质资源圃（左家） | 中国农业科学院特产研究所 | 吉林省 |
| 16 | 国家寒地果树种质资源圃（公主岭） | 吉林省农业科学院 | 吉林省 |
| 17 | 国家甜菜种质资源中期库（哈尔滨） | 黑龙江大学 | 黑龙江省 |
| 18 | 国家马铃薯种质资源试管苗库（克山） | 黑龙江省农业科学院克山分院 | 黑龙江省 |
| 19 | 国家寒带作物及大豆种质资源中期库（哈尔滨） | 黑龙江省农业科学院草业研究所 | 黑龙江省 |
| 20 | 国家都市特色作物种质资源中期库（上海） | 上海市农业生物基因中心 | 上海市 |
| 21 | 国家甘薯种质资源试管苗库（徐州） | 江苏徐淮地区徐州农业科学研究所 | 江苏省 |
| 22 | 国家桑树种质资源圃（镇江） | 中国农业科学院蚕业研究所 | 江苏省 |
| 23 | 国家桃草莓种质资源圃（南京） | 江苏省农业科学院 | 江苏省 |
| 24 | 国家果梅杨梅种质资源圃（南京） | 南京农业大学 | 江苏省 |
| 25 | 国家南方草本花卉种质资源圃（南京） | 南京农业大学 | 江苏省 |
| 26 | 国家水稻种质资源中期库（杭州） | 中国水稻研究所 | 浙江省 |
| 27 | 国家茶树种质资源圃（杭州） | 中国农业科学院茶叶研究所 | 浙江省 |
| 28 | 国家中原山地特色园艺作物种质资源圃（合肥） | 安徽农业大学 | 安徽省 |
| 29 | 国家龙眼枇杷种质资源圃（福州） | 福建省农业科学院果树研究所 | 福建省 |
| 30 | 国家红萍种质资源圃（福州） | 福建省农业科学院农业生态研究所 | 福建省 |
| 31 | 国家闽台特色作物种质资源圃（漳州） | 福建省农业科学院亚热带农业研究所 | 福建省 |
| 32 | 国家东南山地作物种质资源圃（宜春） | 江西省农业科学院园艺研究所 | 江西省 |
| 33 | 国家烟草种质资源中期库（青岛） | 中国农业科学院烟草研究所 | 山东省 |
| 34 | 国家核桃板栗种质资源圃（泰安） | 山东省农业科学院果树研究所 | 山东省 |
| 35 | 国家耐盐碱作物种质资源圃（东营） | 山东省农业科学院 | 山东省 |
| 36 | 国家棉花种质资源中期库（安阳） | 中国农业科学院棉花研究所 | 河南省 |
| 37 | 国家西瓜甜瓜种质资源中期库（郑州） | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 河南省 |
| 38 | 国家葡萄桃种质资源圃（郑州） | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 河南省 |
| 39 | 国家油料作物种质资源中期库（武汉） | 中国农业科学院油料作物研究所 | 湖北省 |
| 40 | 国家野生花生种质资源圃（武汉） | 中国农业科学院油料作物研究所 | 湖北省 |
| 41 | 国家水生蔬菜种质资源圃（武汉） | 武汉市农业科学院 | 湖北省 |
| 42 | 国家猕猴桃种质资源圃（武汉） | 中国科学院武汉植物园 | 湖北省 |
| 43 | 国家砂梨种质资源圃（武昌） | 湖北省农业科学院果树茶叶研究所 | 湖北省 |
| 44 | 国家麻类作物种质资源中期库（长沙） | 中国农业科学院麻类研究所 | 湖南省 |
| 45 | 国家苎麻种质资源圃（沅江） | 中国农业科学院麻类研究所 | 湖南省 |
| 46 | 国家小叶茶树种质资源圃（长沙） | 湖南省茶叶研究所 | 湖南省 |
| 47 | 国家野生稻种质资源圃（广州） | 广东省农业科学院水稻研究所 | 广东省 |
| 48 | 国家荔枝香蕉种质资源圃（广州） | 广东省农业科学院果树研究所 | 广东省 |
| 49 | 国家甘薯种质资源圃（广州） | 广东省农业科学院作物研究所 | 广东省 |
| 50 | 国家热带果树种质资源圃（湛江） | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所 | 广东省 |
| 51 | 国家野生稻种质资源圃（南宁） | 广西壮族自治区农业科学院 | 广西壮族自治区 |
| 52 | 国家芒果种质资源圃(田东) | 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所 | 广西壮族自治区 |
| 53 | 国家野生棉种质资源圃（三亚） | 中国农业科学院棉花研究所 | 海南省 |
| 54 | 国家热带饲草种质资源圃（儋州） | 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所 | 海南省 |
| 55 | 国家橡胶树种质资源圃（儋州） | 中国热带农业科学院橡胶研究所 | 海南省 |
| 56 | 国家木薯种质资源圃（儋州） | 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所 | 海南省 |
| 57 | 国家热带棕榈种质资源圃（文昌） | 中国热带农业科学院椰子研究所 | 海南省 |
| 58 | 国家热带香料饮料种质资源圃（万宁） | 中国热带农业科学院香料饮料研究所 | 海南省 |
| 59 | 国家柑橘种质资源圃（重庆） | 中国农业科学院柑橘研究所 | 重庆市 |
| 60 | 国家西南特色园艺作物种质资源圃（成都） | 四川省农业科学院园艺研究所 | 四川省 |
| 61 | 国家云贵高原特色作物种质资源圃（贵阳） | 贵州大学 | 贵州省 |
| 62 | 国家云南特有果树种质资源圃（昆明） | 云南省农业科学院园艺作物研究所 | 云南省 |
| 63 | 国家甘蔗种质资源圃（开远） | 云南省农业科学院甘蔗研究所 | 云南省 |
| 64 | 国家大叶茶树种质资源圃（西双版纳） | 云南省农业科学院茶叶研究所 | 云南省 |
| 65 | 国家青藏高原作物种质资源圃（拉萨） | 西藏自治区农牧科学研究院 | 西藏自治区 |
| 66 | 国家青藏高原作物种质资源中期库（拉萨） | 西藏自治区农牧科学研究院 | 西藏自治区 |
| 67 | 国家柿种质资源圃（杨凌） | 西北农林科技大学 | 陕西省 |
| 68 | 国家农作物种质资源复份库（西宁） | 青海大学农林科学院（青海省农林科学院） | 青海省 |
| 69 | 国家枸杞葡萄种质资源圃(银川) | 宁夏农林科学院枸杞科学研究所、宁夏农林科学院园艺研究所 | 宁夏回族自治区 |
| 70 | 国家新疆特有果树种质资源圃（轮台） | 新疆农业科学院轮台果树资源圃 | 新疆维吾尔自治区 |
| 71 | 国家野生苹果种质资源圃（伊犁） | 伊犁哈萨克自治州农业科学研究所 | 新疆维吾尔自治区 |
| 72 | 国家中亚特色作物种质资源中期库（乌鲁木齐） | 新疆农业科学院农作物品种资源研究所 | 新疆维吾尔自治区 |
| 序号 | 库名称 | 依托单位 | 所在地区 |
| 1 | 国家农业微生物种质资源库 | 中国农业科学院农业资源与农业区划研究所 | 北京市 |
| 2 | 国家食用菌种质资源库（吉林） | 吉林农业大学 | 吉林省 |
| 3 | 国家食用菌种质资源库（上海） | 上海市农业科学院 | 上海市 |
| 4 | 国家食用菌种质资源库（贵州） | 贵州省农业科学院 | 贵州省 |
| 5 | 国家食用菌种质资源库（云南） | 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所 | 云南省 |
| 6 | 国家肥料微生物种质资源库（湖北） | 华中农业大学 | 湖北省 |
| 7 | 国家肥料微生物种质资源库（海南） | 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所 | 海南省 |
| 8 | 国家饲料微生物种质资源库（北京） | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 北京市 |
| 9 | 国家饲料微生物种质资源库（内蒙古） | 内蒙古农业大学 | 内蒙古自治区 |
| 10 | 国家植保微生物种质资源库（河北） | 河北省农林科学院植物保护研究所 | 河北省 |
| 11 | 国家植保微生物种质资源库（湖北） | 湖北省农业科学院 | 湖北省 |
| 12 | 国家植保微生物种质资源库（山东） | 山东农业大学 | 山东省 |
| 13 | 国家植保微生物种质资源库（安徽） | 安徽农业大学 | 安徽省 |
| 14 | 国家农业环境微生物种质资源库（广东） | 广东省农业科学院农业资源与环境研究所 | 广东省 |
| 15 | 国家农业环境微生物种质资源库（四川） | 农业农村部沼气科学研究所 | 四川省 |
| 16 | 国家农业环境微生物种质资源库（广西） | 广西壮族自治区农业科学院 | 广西壮族自治区 |
| 17 | 国家农业环境微生物种质资源库（山东） | 中国农业科学院烟草研究所 | 山东省 |
| 18 | 国家畜禽水产微生物种质资源库（北京） | 中国农业科学院饲料研究所 | 北京市 |
| 19 | 国家农业专利与模式微生物种质资源库（广东） | 广东省科学院微生物研究所 | 广东省 |
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